Molecular diagnosis of Phytophthora lateralis in trees, water, and foliage baits using multiplex polymerase chain reaction

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Abstract:

A polymerase chain reaction (PCR)-based protocol for detection of in plant tissues and water is described. Base-pair (bp) deletions in both of the ribosomal DNA internal transcribed spacer (ITS) regions in were used to design complementary PCR primer sequences that amplify a 738 bp fragment only if DNA is present in the sample. Universal control primers based on conserved sequences of the nuclear ribosomal small subunit are included in a multiplexed reaction, providing an internal check on the procedure. The universal primers amplify an approximately 550 bp fragment that is common to plants, protists, and true fungi. The procedure reliably detects in cedar stem tissues and in roots. Positive reactions were obtained with as few as 200 zoospores in water.

French
Diagnostic moléculaire par PCR multiplex pour détecter Phytophthora lateralis dans les arbres, l’eau et le feuillage utilisé comme piège

Un protocole basé sur la PCR est décrit pour détecter Phytophthora lateralis dans les tissus végétaux et l’eau. Des délétions de paires de bases dans chacune des régions ITS de l’ADN ribosomal de P. lateralis ont été utilisées pour définir des amorces de PCR qui n’amplifient un fragment de 738 paires de bases que si l’ADN de P. lateralis est présent dans l’échantillon. Des amorces universelles basées sur des régions conservées de la petite sous-unité de l’ADN ribosomal nucléaire ont été incluses dans une réaction de PCR multiplex, fournissant ainsi un témoin interne de la réaction. Ces amorces universelles amplifient un fragment de 550 pb qui est commun aux plantes, aux protistes et aux champignons vrais. Ce protocole permet la détection de P. lateralis dans les tiges et dans les racines du Chamaecyparis. Des réactions positives ont été obtenues avec seulement 200 zoospores de P. lateralis dans l’eau.

Document Type: Research Article

Affiliations: Department of Botany and Plant Pathology, Oregon State University, Corvallis OR, USA

Publication date: October 1, 2001

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